不同版本之间还有各自的原创角色登场，这些角色只能在特定的版本下才能收集得到。

只在《大爆炸》中登场的角色

只在《超新星》中登场的角色

《闪电十一人》系列的老熟人T-Pistonz+KMC还为两个版本提供了不同的主题曲，《大爆炸》的是《BIGBANG！》，《超新星》的是《スパノバ！》。

新作主要讲述主人公松风天马作为队长，带领都是新人的“闪电日本”队参加少年足球世界大会。突然有一天，一艘宇宙船出现在新生“闪电日本”队的眼前！突然出现的神秘男子，竟要求他们出席18万9千光年外的银河举办的“银河足球大赛”。如果输了，地球就会被毁灭！为了拯救地球。“地球十一人”毅然决然地踏上了比赛的征途，向着宇宙前进！（日本通编译，转载请附上原文链接）